O departamento de Saúde Mental congrega os hospitais psiquiátricos privados e filantrópicos do Estado de São Paulo, além de clínicas de saúde mental. São, portanto, dois grupos distintos trabalhados pelo departamento. Promove reuniões, agenda audiências com autoridades nacionais, estaduais e municipais e analisa normas que regulamentam o segmento. Os rumos da assistência em saúde mental são discutidos periodicamente com outras instituições representativas do setor, que formam o GSI (Grupo Supra-Institucional em Saúde Mental).